Я лично не использую настройки LBA и LARGE в BIOS-е (но у меня на машине только Linux); это одни из самых ужасных изобретений, вызванное неэффективностью мира PC. Такое решение требует, чтобы ядро находилось на первых 1024 цилиндрах винчестера, но это не проблема, потому что вы разбиваете диск на разделы, и выделяете под корневой раздел небольшое пространство (что вы и должны всегда делать в любом случае).
Если на вашем диске есть другая операционная система, то вам наверно нельзя будет изменить настройки BIOS, иначе эта ОС перестанет работать. Все последние версии Lilo понимают настройки LBA и LARGE.
Заметьте, что ключевое слово "linear" в файле /etc/lilo.conf может помочь решить проблемы геометрии винчестера. Эта команда инструктирует Lilo использовать линейные адреса секторов, вместо троек сектор/головка/цилиндр. Преобразование из линейных в трехмерные адреса во время загрузки немного замедляет этот процесс, но он становится менее уязвим с точки зрения проблем геометрии.
Если у вас более, чем один винчестер, и некоторые из них используются только Linux-ом, и не включаются в процесс загрузки, вы можете сказать BIOS, что их нет. Ваша система будет загружаться быстрее, а Linux автоматически определит их наличие при загрузке. Я часто меняю винчестеры в моих компьютерах, не никогда не трогаю конфигурацию BIOS.